3月22日，上海交通大学洪亮造就团队发布卵白质诡计模子Venus，该团队将AI与卵白质诡计与蜕变相联结，缔造了各人最大的卵白质数据集，基于该数据集进修的模子，不错精确、高效地臆测、诡计卵白质的功能，把卵白质坐蓐由“冉冉的试错”变为“高效用的精确诡计”。
该效果勾通行业跳动的自动化蛊卦，依然进行产业化落地，把卵白质诡计从原先的“复杂科学”变为如今的“浅显工程”。
洪亮团队缔造的卵白质序列数据集Venus-Pod（Venus-Protein Outsize Dataset）含有近90亿条卵白质序列，包含数亿个功能标签，是各人数据限制最大、功能批注标签最多的数据集，亦然另一滑业知名模子——好意思国ESM-C模子进修用的21亿卵白质序列的4倍体量。
该数据集包含36.2亿条陆地微生物卵白质序列、26.4亿条海洋微生物卵白质序列、24.3亿条抗体卵白质序列、0.6亿条病毒卵白质序列，障翳从老例地表生物到顶点环境微生物的卵白质序列信息，尤其是配备的数亿功能标签（卵白质责任的温度、酸碱度、压强等）。
洪亮示意，该数据集组成了广宽的“卵白质宝藏”，使得东说念主类有可能挖掘新的卵白或者生物催化剂，助力生物医药和合成生物学的快速发展；其次，AI大模子有望通过海量数据的学习和掌持当然界卵白质的进化时势，为AI诡计优异的卵白质产物提供了贵重的学习贵寓。
2024年，诺贝尔化学奖颁发给谷歌DeepMind团队，该团队驾驭AI时期精确成见了卵白质序列到三维结构的关系，处治了困扰生物学家长达50年的基本不毛。
关联词，一个推行的问题是：淌若稍许更正卵白质的氨基酸序列，哪怕仅仅1%的狭窄改变，卵白质的合座结构看似莫得发生显明变化，但它的功能不详率会变差，致使皆备丧失。
换言之，要诡计出一款奏效的卵白质产物，不成只存眷它的三维结构，而是要能奏效臆测和诡计它的功能。
因此，洪亮造就团队“别具肺肠”，不再执着于卵白质的结构，而是径直对准“功能臆测”这一终极方针，将复杂的卵白质诡计造成以需求为导向，操盘勾通一丝实验输出限度的浅显经过。
“咱们进修了Venus（启明星）系列模子，与DeepMind团队的AlphaFold臆测卵白质结构不同，这个模子学习当然界卵白质序列的组织王法以及它与功能之间的关系，其臆测卵白质突变功能的精度位居行业榜单之首。”洪亮示意。
Venus系列模子具备两大中枢功能：“AI定向进化”与“AI挖酶”。
所谓“AI定向进化”是指 Venus系列模子不错对一个不尽如东说念主意的卵白质产物的多种性能进行优化，让它成为一个“六边形战士”得志应用需求。
而“AI挖酶”则是指 Venus 系列模子基于其海量的未知功能卵白质数据集，不错“海选超才智战士”，去精确发掘得志残忍应用需求的具备超老例功能的卵白质，比如颠倒耐热、颠倒耐酸、颠倒耐碱、颠倒耐胃肠消化等。
这些超老例功能的卵白质在生物时期、医药研发和工业坐蓐中具有广宽的应用后劲，能够为关连边界带来立异和破损。
与此同期，勾通Venus系列模子的各人首款低通量大体积卵白质抒发、纯化与功能检测自动化一体机，可在24小时内不终止地完成100余个卵白质的抒发、纯化与检测任务，较东说念主力效用提高近10倍，将大大减少研发经过中的东说念主力、物力和时候老本插足，显贵提高卵白质工程与合成生物学征询的效用。其主张即是“诡计AI化，实验自动化”，让科研东说念主员从繁琐的诡计和实验中摆脱出来，他们只需要提议问题，AI和自动化来处治问题，最终将复杂的卵白质科学发现造成“傻瓜相机式”的浅显经过。
当今，经过Venus系列模子诡计的多款卵白质依然已矣了落地产业化。
以国内滋长激素龙头金赛药业的单域抗体耐碱性蜕变为例。普及卵白质的耐碱性历来是一项极具挑战性的责任，洪亮团队借助该模子联结一丝湿实验闭环迭代考证，不到一年将平日单域抗体耐碱性普及 4 倍，每年为金赛药业从简上千万元老本。该效果已已矣多个批次 5000 升放大坐蓐，成为各人首款由大模子诡计并限制化坐蓐的卵白质产物。
另一项Venus系列模子的立异应用则是对某体外会诊头部公司碱性磷酸酶（ALP）的蜕变神态。ALP 因高踏实性和智谋度被庸碌用作象征酶，其活性越高，检测智谋度越高，从而能够检测到极低的生物标志物，但普及ALP的活性一直是一个挑战。Venus 系列模子奏效优化 ALP，使其分子活性超国外头部公司产物 3 倍，为超敏检测会诊（如心肌梗塞、阿尔茨海默症）带来广宽价值。当今，蜕变后的 ALP 已进入 200L 限制放大坐蓐阶段，标志着 Venus 系列模子奏效已矣产业回荡。